Sus principales vías de comunicación son la RN 14 y la RP 94. A 5 km se halla el puente de la Integración que la une a la localidad brasileña de São Borja. Es sede del Obispado de Santo Tomé.
Los orígenes de Santo Tomé se remontan a 1632, año en que fue fundada por primera vez, en la provincia de Tapé (actual Río Grande do Sul, en Brasil). Este asentamiento no duró mucho debido al constante asedio de los mamelucos paulistas que atacaban los poblados en busca de esclavos. En 1683 los jesuitas se instalaron en la villa o poblado que hoy ocupa la ciudad de Santo Tomé. En esta localidad nació el comandante guaraní federal Andresito Guazurarí (Andrés Guaçurarý y Artigas, 1778-1821), que en 1817 luchó contra el general luso-brasileño Francisco das Chagas Santos (1763-1840). Ese mismo año el poblado fue incendiado. El 27 de agosto de 1863, la villa de Santo Tomé, fue refundada oficialmente como ciudad de Santo Tomé y repoblada por decreto del Gobernador Manuel Lagraña.

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Cómo llegar a Santo Tomé