Cuando se levantó la iglesia en el Fuerte de San Rafael fue como viceparroquia, la parroquia era la de San Carlos, dependiente del Curato del Valle de Uco. Recién en 1869 fue designada como parroquia de San Rafael, por el obispo Achával, quien luego pondría la piedra fundamental del nuevo edificio.

La Diócesis a la que perteneció San Rafael desde 1828 fue la de Cuyo y en 1834 la de Mendoza, cuando fue separada del resto, siendo su primer obispo monseñor José Aníbal Verdaguer. Recién en 1961 fue creada la Diócesis de San Rafael.